? ? ? ? 近日，國(guó)家煙草基因研究中心（鄭州煙草研究院）宣布，與國(guó)家煙草基因工程研究中心、中國(guó)煙草總公司青州煙草研究所、博奧生物暨生物芯片北京國(guó)家工程研究中心聯(lián)合攻關(guān)，設(shè)計(jì)出一款煙草全基因組分子模塊育種55K SNP芯片。博奧晶典作為博奧生物旗下的產(chǎn)業(yè)化平臺(tái)企業(yè)，參與了煙草55K?SNP芯片優(yōu)勢(shì)位點(diǎn)篩選、位點(diǎn)評(píng)估打分及位點(diǎn)探針設(shè)計(jì)等工作，后續(xù)還將承擔(dān)利用該芯片對(duì)大量煙草樣本進(jìn)行檢測(cè)、數(shù)據(jù)分析等工作。該款煙草基因芯片將在后續(xù)煙草基因研究應(yīng)用、品種定向遺傳改良和全基因組分子模塊育種研究工作中發(fā)揮重要作用。

SNP芯片技術(shù)背景

? ? ? ??盡管目前基于測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記的技術(shù)已經(jīng)十分成熟，但是對(duì)大量的群體進(jìn)行高通量數(shù)據(jù)分析和標(biāo)記挖掘仍然十分耗時(shí)、昂貴并具有挑戰(zhàn)性。SNP芯片作為當(dāng)前最為流行的一款分型工具，具有快速、精準(zhǔn)、價(jià)廉等優(yōu)勢(shì)，可以應(yīng)用于大批量品種資源的快速分型，極大提高分型的準(zhǔn)確度、縮短分型時(shí)間，已被廣泛應(yīng)用于植物全基因組分型、QTL定位、全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組選擇等研究中。

煙草55K SNP芯片

? ? ? ??煙草55K高通量SNP分型檢測(cè)芯片位點(diǎn)設(shè)計(jì)主要以煙草430K高通量SNP芯片的位點(diǎn)為基礎(chǔ)，并加入部分重測(cè)序及其他來(lái)源的新位點(diǎn)，經(jīng)過(guò)精心篩選后，最終保留62,822個(gè)SNP位點(diǎn)（圖1）。

圖1 博奧晶典與國(guó)家煙草基因研究中心聯(lián)合攻關(guān)定制煙草55K SNP芯片流程

煙草55K SNP芯片特點(diǎn)：

①?位點(diǎn)篩選嚴(yán)謹(jǐn)：該芯片優(yōu)選群體親本間共有位點(diǎn)、有效標(biāo)記數(shù)量多且分布均勻；

②?注釋信息完整：SNP位點(diǎn)基因組信息（位置、序列信息等）詳細(xì)完整；

③?超高的性?xún)r(jià)比：該芯片可廣泛應(yīng)用于煙草基因組各項(xiàng)研究，并且成本低、性?xún)r(jià)比高；

④?自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)：該芯片具有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)。

? ? ? ??煙草55K SNP芯片在煙草基因研究應(yīng)用、品種定向遺傳改良和全基因組分子模塊育種研究工作中能夠發(fā)揮重要作用，能夠開(kāi)展基因組模塊育種材料導(dǎo)入染色體區(qū)段定位、分子模塊鑒定、遺傳背景分析等，快速鎖定與重要表型性狀（如品質(zhì)、抗性等）相關(guān)的基因/標(biāo)記，篩選獲得優(yōu)良性狀煙草新品系，從而大幅提升煙草正向遺傳學(xué)研究的效率，其高通量、高準(zhǔn)確率及高效率的特點(diǎn)已得到行業(yè)應(yīng)用單位的普遍認(rèn)可。

博奧晶典SNP芯片定制推薦流程

? ? ? ??博奧晶典具有強(qiáng)大的科技創(chuàng)新和檢測(cè)服務(wù)能力，并具有認(rèn)證芯片實(shí)驗(yàn)體系，19年累計(jì)芯片經(jīng)驗(yàn)，能夠提供穩(wěn)定可靠的結(jié)果。博奧晶典已形成完善的高通量芯片定制流程，首先，得到該物種的參考基因組，通過(guò)基因組重測(cè)序、篩選已有SNP數(shù)據(jù)庫(kù)等方式獲得大量的候選定制位點(diǎn)。然后，通過(guò)一系列的生物信息分析對(duì)位點(diǎn)及探針設(shè)計(jì)進(jìn)行評(píng)估，篩選后定制出200-660K高密度SNP定制芯片。該階段密度的芯片更適合用于該物種全基因組GWAS、高密度遺傳圖譜繪制等科學(xué)研究。最后，如果需要更加經(jīng)濟(jì)高效的推進(jìn)精準(zhǔn)化育種、模塊化育種的進(jìn)程，快速鎖定與重要表型性狀（如品質(zhì)、抗性等）相關(guān)的基因/標(biāo)記，就需要進(jìn)一步對(duì)位點(diǎn)進(jìn)行篩選，找出更重要的少數(shù)位點(diǎn)定制中低密度SNP芯片（圖2）。

圖2 農(nóng)業(yè)SNP芯片定制推薦流程

博奧晶典科研服務(wù)簡(jiǎn)介

? ? ? ??北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司是博奧生物集團(tuán)有限公司暨生物芯片北京國(guó)家工程研究中心的產(chǎn)業(yè)化平臺(tái)，是清華大學(xué)布局生命健康領(lǐng)域的核心企業(yè)。博奧晶典建立了國(guó)際領(lǐng)先的基因組、表觀基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組、微生物組、單細(xì)胞等微觀多組學(xué)多層次服務(wù)技術(shù)平臺(tái)和研發(fā)平臺(tái)、生命科學(xué)與智能裝備研發(fā)平臺(tái)、中醫(yī)藥工程化科學(xué)化研發(fā)平臺(tái)、全人全程健康管理大數(shù)據(jù)支撐平臺(tái)，檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室獲得多項(xiàng)CNAS認(rèn)證（中國(guó)合格評(píng)定國(guó)家認(rèn)可委員會(huì)）、CMA認(rèn)證（中國(guó)計(jì)量認(rèn)證）、ASHI認(rèn)證(美國(guó)組織相容性及免疫遺傳學(xué)學(xué)會(huì))。質(zhì)量管理體系通過(guò)德國(guó)萊茵公司ISO9001認(rèn)證，支持國(guó)內(nèi)外科研機(jī)構(gòu)及企事業(yè)單位發(fā)表SCI論文1500余篇，雜志總影響因子超過(guò)6700分，其中Cell、Nature、Science、JAMA等高水平同行評(píng)議論文30余篇。自主研發(fā)和合作研發(fā)的技術(shù)成果兩次榮獲國(guó)家技術(shù)發(fā)明獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)，近三年累計(jì)取得直接社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益收入30多億元，在產(chǎn)學(xué)研轉(zhuǎn)化方面取得突出成果。