GemCode 您聽說過么？

  GemCode 是10X Genomics公司推出的一款大片段 DNA 建庫分析平臺。2015年成為十大生命科學領域創(chuàng)新產(chǎn)品評選排名第一的產(chǎn)品，博奧生物集團旗下子公司博奧晶典是首家引進此平臺的公司！

為什么要發(fā)明GemCode？

   檢測大片段DNA的改變、減少基因組組裝的gap，之前主要靠第三代測序（例如PacBio）完成，但實驗成本非常高。為了能夠經(jīng)濟快速地產(chǎn)生數(shù)據(jù)，實 現(xiàn)SNP的大規(guī)模鑒定，研究人員不斷尋找新的工具。終于2015年2月，10X Genomics公司發(fā)布的GemCode大片段建庫平臺順勢而生。與Pacbio三代測序原理不同的是，該平臺通過對大片段引入序列標識的方法，能夠間 接實現(xiàn)長片段測序。這個平臺并非單獨使用，而是與短讀取的測序儀結合使用，能輕松整合到現(xiàn)有的測序流程中。該平臺最流弊的是只需低至1ng 的DNA就能完成建庫和測序?qū)嶒?，完成長達幾十Mb的單體型序列分析，是疾病遺傳學研究、動植物育種研究、基礎生物學研究等強有力的工具。

神奇GemCode的工作原理？

   GemCode使用的是膠珠微滴擴增系統(tǒng)，微滴由GemCode儀器產(chǎn)生，每個微滴中包含約60個長鏈模板DNA分子（>100kb）、1個膠珠 以及DNA擴增所需的聚合酶、dNTP等。擴增的引物固定于膠珠內(nèi)，每個微珠內(nèi)的引物含有一種特定序列14bp barcode標簽（多達70萬種）和illumina測序所需的序列。PCR擴增反應在微滴內(nèi)進行，來自于一個微滴的長鏈模板產(chǎn)生的擴增產(chǎn)物帶有能識別 該微滴的特定標簽序列；而不同膠珠內(nèi)的barcode標簽不同，從而追蹤發(fā)生在各微滴的擴增反應。擴增產(chǎn)物用于后續(xù)illumina建庫和測序，通過 barcode序列信息追蹤來自每個大片段DNA模板的多個讀段，從而進行單體型拼接和結構變異分析。